Japonsko otočje so v prvi vrsti rezultat več velikih oceanskih gibanj, ki so se zgodila v stotinah milijonov let od sredine silurja do pleistocena, kot posledica subdukcije Filipinske morske plošče pod celinsko Amursko ploščo in okinavsko ploščo na jugu in subdukcijo Pacifiške plošče pod Ohotsko ploščo na severu.